Brunn wurde um 1260 als Prunne erstmals urkundlich erwähnt. Der Name bezieht sich auf eine Quelle, welche seit vielen Jahrhunderten die Stadt Waidhofen mit Wasser versorgt.
1499 Hatte die Herrschaft Waidhofen in Prunn 20 Untertanen, die Pfarre 2.
1503 Die Schlossherrschaft Waidhofen hält daselbst alle Jahre ein Banntaiding, das ist einen Amtstag, über die im Dorf von altersher bestehenden Gewohnheitsrechte, Freiheiten und Privilegien. Hierbei wurden auch etwaige strafbare Handlungen gerichtet.
1575 Gehörte Prunn zur Pfarre Waidhofen. 1621 waren infolge der Ereignisse des Dreißigjährigen Krieges (1618 - 1648) vier Häuser ganz abgeödet.
1687 Gab es in Brunn 16 Häuser.
Im Jahre 1690 schloss die Stadt und die Herrscht Waidhofen einen Vergleich bezüglich der Wasserleitung von Brunn her. Danach sollte die Gemeinde Brunn eine Entschädigung erhalten.
Um 1710 wurde im Ort ein Glockenhaus errichtet.
1771 Wurde eine dem Hl. Florian geweihte Kapelle erbaut.
1795 Wurde von Dechant Georg Funk aus Waidhofen die einklassige Volksschule als Notschule errichtet. Den Unterricht erteilte anfangs der Schneider Josef Lieb. Dieser absolvierte dann auch den Präparandenkurs.
1863 Erbaute die Stadtgemeinde Waidhofen an der Thaya in Brunn Wasserbehälter und leitete das Wasser in Metallröhren in die Stadt.
1900 Hatte Brunn 157 Einwohner.
1906 Spendete Katharina Krutz und Johann Loidolt eine Glocke.
Derzeit (Stand Mai 2023) gibt es in Brunn 94 Haushalte sowie 257 Personen mit Hauptwohnsitz und 22 Personen mit Nebenwohnsitz.