1311 wurde Neundorf erstmals urkundlich erwähnt. Der Ortsname bedeutet "neues Dorf". Nonndorf gehörte 1311 zur Pfarre Windigsteig.
1499 gehörte Nondorff zur Pfarre Windischsteig (Windigsteig).
1573 zahlte Neundorf bei Waidthofen das Ungeld (die Getränkesteuer) an die Stadt Zwettl, welche dieses von den Landesfürsten gepachtet hatte.
1740 stellt die Gemeinde Nonndorf eine Florianistatue am heutigen Kapellenstandort auf.
1768 Am 27. Februar und am 04. März 1768 ereignen sich Erdbeben, wodurch sogar die Glocken im Pfarrhof in Vitis zu läuten beginnen.
1860 Ab dieser Zeit wird die Straße von Vitis nach Waidhofen von feldwegähnlichen Verbindungswegen zu einer neuen Bezirksstraße ausgebaut. Nach der Fertigstellung um etwa 1864 verlor der Weg durch den Radlbachwald seine Bedeutung als Hautpverbindungsweg.
1862 wurde die Kapelle errichtet.
1863 Die Filialschule in Grünau wird wieder aufgelassen und die Gemeinde Nonndorf nach Kainraths eingeschult.
1893 Die Ortsgemeinde Nonndorf besteht aus den Katastralgemeinden Nonndorf, Grünau und Edengans.
1899 wurden am 11. Juni Adaptierungsarbeiten an der Schule in Kainraths vergeben. Unter anderem die Tischlerarbeiten an Tischlermeister Anton Scheidl aus Nonndorf Nr. 8 für einen Betrag von 499 Kreuzer.
1926 besuchen im Herbst acht Kinder aus Nonndorf die Schule in Kainraths.
1933 Nonndorf hat 20 bewohnte Häuser mit 100 Einwohnern. Es wird bereits von einem regen Straßenverkehr berichtet. Die Statue des Hl. Florian bekommt am 10. Juni einen neuen Betonsockel. Darin wird auch ein Schreiben und Geldmünzen einbetoniert. Der Kapellenturm wird renoviert und in der kleinen Kugel an der Turmspitze ebenfalls eine Inschrift beigelegt.
1941 wird nördlich von Nonndorf die Hochspannungsleitung von Waidhofen an der Thaya nach Vitis auf betonierten Masten errichtet. Teile der Ortsbevölkerung helfen mit ihren Pferdefuhrwerken beim Materialtransport.
1948 wird Nonndorf erstmals mit öffentlichem elektrischem Strom versorgt.
1951 Die Kapelle wird außen renoviert. Der Turm erhält eine neue Blechverkleidung und auch das Turmgerüst wird ausgebessert. Die Turmuhr bekommt neue Zifferblätter und vergoldete Zeiger.
1962 Errichtung eines öffentlichen Ortskanals.
1969 Letztes Schuljahr in der Dorfschule von Kainraths. Alle Pflichtschulkinder von Nonndorf besuchen ab 1970 die Schulen in Waidhofen an der Thaya. Im Mai 1969 wird die Turmuhr an der Kapelle zum Stillstand gebracht und ein elektrisches Läutwerk in Betrieb genommen.
1970 Entstehung der Gemeinde Waidhofen an der Thaya - Land durch freiwilligen Zusammenschluss der Gemeinden Brunn, Buchbach, Kainraths und Vestenpoppen. Die konstituierende Sitzung des am 22. November neu gewählten Gemeinderates findet am 12. Dezember statt. Bürgermeister der neuen Gemeinde ist von 1970 bis 1996 Franz Groß aus Wohlfahrts. Im Frühjahr 1996 wird Johann Ramharter aus Wiederfeld zum zweiten Bürgermeister der Gemeinde Waidhofen an der Thaya - Land gewählt.
1978 Eröffnung des ersten Kindergartens der Gemeinde Waidhofen an der Thaya - Land in Waidhofen an der Thaya. Der erste Computer mit Bildschirm wird in Nonndorf Nr. 12 in Betrieb genommen. Erstes großes Feuerwehrfest in Nonndorf in einem Maschinenschuppen.
1979 Wie in fünf anderen Katastralgemeinden wird auch in Nonndorf ein Kinderspielplatz mit Fußballtoren errichtet.
1990 In Nonndorf wird vor dem Feuerwehrhaus die Bushaltestelle neu gestaltet. Am 29. Juli 1990 findet die Eröffnung und Segnung des neuen Feuerwehrhauses von Nonndorf statt.
1991 Nonndorf hat 24 bewohnte Häuser mit 93 Einwohnern.
1999 Nonndorf wird in der Gemeinde Waidhofen an der Thaya - Land als Stationierungsort für das neue Rüstlöschfahrzeug RLFA 2000 bestimmt. Dafür wird von den Feuerwehrmitgliedern im Jahr 1999 in wenigen Monaten eine zusätzliche Großgarage in über 700 unentgeltlichen Arbeitsstunden errichtet.
2001 feiert die Freiwillige Feuerwehr Nonndorf vom 11. bis 13. Mai 2001 ihr 100-jähriges Gründungsjubiläum. Der Mitgliederstand in der Feuerwehr Nonndorf erreicht im Jahr 2001 mit 43 Mitgliedern seinen bisherigen Höchststand.
Derzeit (Stand Mai 2023) gibt es in Nonndorf 32 Haushalte, davon 79 Personen mit Hauptwohnsitz und 13 Personen mit Nebenwohnsitz.